Criada em 1972 pelo grupo germinador, iniciou sua luta combatendo o projeto de instalação do Aeroporto Internacional de São Paulo , quando a entidade obteve sua primeira vitória. A proposta era construir o aeroporto em Caucaia do Alto, uma região entre os municípios de Cotia e Embu, o que simplesmente acabaria com a Reserva Florestal do Morro Grande, região de mananciais que hoje abastece a região Oeste da Capital. Caucaia do Alto foi apenas o começo.

Fundada em 11 de outubro de 1975 com objetivos direcionados à defesa ecológica, ambiental, turística, paisagística e arquitetônica do município de Embu, desde então a Sociedade Ecológica Amigos de Embu – SEAE tem conseguido atingir seus objetivos, vencendo importantes pleitos, denúncias e lutas. Em 1976 e 1977 a entidade se mobilizou contra a instalação dos Portos de Areia no município. Se a cidade tem hoje uma lei de mananciais, isto foi devido à intervenção da SEAE.

Outra tentativa de causar danos ao meio ambiente, em 1982, foi frustrada pelos ambientalistas: o lixão, onde seriam depositados 250 toneladas/dia de detritos de sete municípios, foi embargado. 

Ainda em 1982, a “passarinhada” denunciada pela Sociedade Ecológica Amigos de Embu teve repercussão internacional, que culminou com o solene um minuto de silêncio durante a realização das Olimpíadas de Los Angeles em protesto ao evento ocorrido em Embu.

O decreto que criou o cemitério-jardim de Embu em 1986 foi revogado por força da pressão da comunidade, liderada pela SEAE. Em 2002 começa um forte trabalho de educação ambiental em Embu e região buscando a conscientização para a preservação da vida, trabalhando valores voltados para a sustentabilidade social, cultural, política e ambiental.